Ha nincs más kiút, egy Csillagflotta kapitány elrendelheti a hajó önmegsemmisítését, ha kilátástalan helyzetbe kerülnének, megakadályozva ezzel például azt, hogy a hajó ellenséges kézre kerüljön.

A Galaxy osztályú hajókon két független önmegsemmisítő-rendszer van, külön a csészalj- és a hajtómű-szekción. Önálló alprocesszor-egységek vannak a hajó teljes részén, ezáltal az önmegsemmisítési eljárás a főszámítógép esetleges hibája, kiesése esetén is végrehajtható. Az elsődleges önmegsemmisítő-rendszer a hajót egy hatalmas anyag-antianyag robbanással szétporlasztja; a robbanást a térhajtómű reagens anyagainak vezérelt kieresztésével érik el. A robbanás egy masszív mechanikus és termikus lökést gerjeszt, ami gyorsan és teljesen elpusztítja a hajót.

Amikor az önmegsemmisítési szekvencia a végső fázisba lép, a számítógép egy szándékos kaszkádhibát generál, amelyben a térhajtómű összes biztonsági retesze érintett. A 42. fedélzeten található összes antianyagot és az elsődleges deutériumtartálybeli anyagot egyszerre kieresztik. Ez 1000 fotontorpedónyi erejű robbanást hoz létre. A felszabaduló energia eléri az 1015 megajoule-t. Ez az energiamennyiség elég arra, hogy maga a hajó és a rajta található összes technológia teljesen megsemmisüljön. Ha a számítógép nem tudja elküldeni a szükséges instrukciókat a müszaki rendszernek, akkor a tartalék, másodlagos önmegsemmisítő-rendszer lép működésbe. Ez valamivel primitívebb. Robbanóanyag-csomagokat telepítettek a hajó különboző helyeire, köztük az antianyag-tárolókhoz. Ha szükséges, ezeket robbantják fel, kiengedve az antianyagot. Közben a másodlagos rendszer túltölti a fúziós reakciókamrát. Ez 500 fotontorpedó erejű robbanást hoz létre. Habár ez csak fele akkora, mint az elsődleges önmegsemmisítő-rendszer esetén, de ez is elegendő a hajó elpusztításához.

Mivel az elsődleges önmegsemmisítési szekvencia a hajtómű-szekcióban lévő antianyag-tárolókat használja, ez a rendszer nem tudja elpusztítani a csészealj-szekciót szeparált repülési módban. Azonban a másodlagos rendszer képes a csészaljat is elpusztítani, így ez lesz a csészealj-szekció elsődleges önmegsemmisítő-rendszere az egyesítésig.

Harc közben csak akkor kerül sör önmegsemmisítésre, ha a hajó meghajtó- és fegyver-rendszerei mind leálltak, és nincs esély baráti hajó segítségére. Komputer modellek alapján akkor is szükség lehet a hajó elpusztítására, ha a navigációs vezérlés elromlik, és a hajó lakott területbe csapódhatna.

Az önmegsemmisítő-rendszer aktiválása a hajó főtisztjeinek kezében van. Az önmegsemmisítési eljárás megindításához legalább két parancsnoki tiszt hozzájárulása szükséges. Ha a kapitány és az első tiszt meghaltak, a komputer automatikusan megkeresi a következő tisztet a rangsorban; azonban az eljárás elindításához legalább egy műveleti tiszt kell. A szekvencia aktiváláshoz a két rangidős tiszt utasítja a komputert az önmegsemmisítési eljárás megkezdésére, aztán az azonosításhoz megadják a személyes hozzáférési kódjukat esetleg tenyérlenyomatukat. Miután a komputer leellenőrizte őket, a rangidő tiszt kiadja a parancsot az önmegsemmisítési szekvencia indítására. Ezután a komputer megkérdezi a másik tisztet, hogy az egyetért-e; ha igen a rangidős tiszt beállítja a visszaszámlálás idejét. A komputer hangban és a kijelzőkön megjelenő felirattal tájékoztatja a legénységet a hátralévő időről. Ha szükséges csendes visszaszámlálást is el lehet rendelni.

Az önmegsemmisítési szekvencia bármikor megszakítható, mielőtt a visszaszámlálás elérné a nullát. De a leállításhoz mindkét indító tiszt beleegyezése szükséges.